COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 8.380634 8.380634 8.486956
2021-05-16 17:00:00 8.282107 8.282107 8.582748
2021-05-15 17:00:00 6.963514 8.376443 8.660480
2021-05-14 17:00:00 8.223659 8.223659 8.773845
2021-05-13 17:00:00 8.423805 8.423805 8.911102
2021-05-12 17:00:00 8.372252 8.372252 9.005545
2021-05-11 17:00:00 7.881539 7.881539 9.113208

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 7.518797 1.434720 6.612292
2021-05-16 17:00:00 7.272727 7.272727 6.766795
2021-05-15 17:00:00 7.655502 7.655502 6.684760
2021-05-14 17:00:00 10.191083 10.191083 6.947494
2021-05-13 17:00:00 6.696764 6.696764 7.227336
2021-05-12 17:00:00 9.746589 9.746589 7.481156
2021-05-11 17:00:00 5.256154 5.256154 7.530228

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 11.805556 15.654405 16.493825
2021-05-16 17:00:00 20.489978 15.593220 16.558295
2021-05-15 17:00:00 16.879433 16.879433 16.543973
2021-05-14 17:00:00 17.812500 17.812500 16.672146
2021-05-13 17:00:00 16.485507 16.485507 16.946222
2021-05-12 17:00:00 19.212598 19.212598 17.490886
2021-05-11 17:00:00 12.965964 12.965964 17.482688

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 5.981466 8.426247 8.425183
2021-05-16 17:00:00 9.061489 9.061489 8.542627
2021-05-15 17:00:00 6.276423 6.276423 8.726820
2021-05-14 17:00:00 8.408109 8.408109 8.765994
2021-05-13 17:00:00 10.199626 10.199626 8.884000
2021-05-12 17:00:00 10.248902 10.248902 8.896204
2021-05-11 17:00:00 8.652793 8.652793 8.999205

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 13.310745 24.866893 8.889945
2021-05-16 17:00:00 10.668679 10.668679 8.693208
2021-05-15 17:00:00 6.106377 6.106377 8.485197
2021-05-14 17:00:00 8.909786 8.909786 8.403484
2021-05-13 17:00:00 7.730343 7.730343 8.354997
2021-05-12 17:00:00 7.444349 7.444349 8.290841
2021-05-11 17:00:00 9.197976 9.197976 8.319595

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 20.176991 28.908555 19.514027
2021-05-16 17:00:00 16.778025 16.778025 19.691401
2021-05-15 17:00:00 15.264977 15.264977 19.908352
2021-05-14 17:00:00 8.820234 19.065744 20.115877
2021-05-13 17:00:00 24.273370 24.273370 19.949642
2021-05-12 17:00:00 17.330609 17.330609 19.578948
2021-05-11 17:00:00 18.088060 18.088060 19.382443

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 3.149606 3.149606 3.817437
2021-05-16 17:00:00 2.884615 2.884615 3.914374
2021-05-15 17:00:00 3.296171 3.296171 4.011682
2021-05-14 17:00:00 2.810304 2.810304 4.084372
2021-05-13 17:00:00 5.058169 5.058169 4.190653
2021-05-12 17:00:00 4.120879 4.120879 4.179628
2021-05-11 17:00:00 4.464286 4.464286 4.377503

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 6.158730 4.141355 4.121913
2021-05-16 17:00:00 5.275670 3.785344 4.192007
2021-05-15 17:00:00 3.896593 3.896593 4.286515
2021-05-14 17:00:00 4.523321 4.523321 4.415521
2021-05-13 17:00:00 4.183726 4.183726 4.511722
2021-05-12 17:00:00 4.152726 4.152726 4.558931
2021-05-11 17:00:00 4.130081 4.130081 4.618923

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 4.545455 2.570565 4.955606
2021-05-16 17:00:00 5.759539 4.026170 5.159258
2021-05-15 17:00:00 4.787759 4.787759 5.473190
2021-05-14 17:00:00 6.715328 6.715328 5.656087
2021-05-13 17:00:00 5.229650 5.229650 5.909382
2021-05-12 17:00:00 7.218576 7.218576 6.167731
2021-05-11 17:00:00 6.441872 6.441872 6.416399

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 7.513357 7.513357 7.127277
2021-05-16 17:00:00 6.343135 6.343135 7.210390
2021-05-15 17:00:00 7.172602 7.172602 7.303977
2021-05-14 17:00:00 7.755566 7.755566 7.478403
2021-05-13 17:00:00 8.563892 8.563892 7.753570
2021-05-12 17:00:00 7.611665 7.611665 7.924700
2021-05-11 17:00:00 6.343584 6.343584 8.094095

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 8.534622 2.407996 8.011881
2021-05-16 17:00:00 11.609071 11.609071 8.313593
2021-05-15 17:00:00 6.949627 6.949627 8.501411
2021-05-14 17:00:00 10.003970 10.003970 8.824966
2021-05-13 17:00:00 8.720060 8.720060 9.099123
2021-05-12 17:00:00 8.839354 8.839354 9.350320
2021-05-11 17:00:00 6.687334 6.687334 9.526826

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 0.574713 0.218341 2.124152
2021-05-16 17:00:00 2.513465 2.513465 2.201390
2021-05-15 17:00:00 1.559454 1.559454 2.419660
2021-05-14 17:00:00 2.483444 2.483444 2.619439
2021-05-13 17:00:00 2.977667 2.977667 2.694992
2021-05-12 17:00:00 2.661208 5.068226 2.906827
2021-05-11 17:00:00 1.336898 1.336898 2.950054

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 1.276596 25.319149 9.315835
2021-05-16 17:00:00 4.806935 4.806935 9.557414
2021-05-15 17:00:00 21.722846 21.722846 9.356712
2021-05-14 17:00:00 9.878214 9.878214 9.230889
2021-05-13 17:00:00 5.380795 5.380795 9.152353
2021-05-12 17:00:00 38.297872 21.985816 9.172211
2021-05-11 17:00:00 5.638298 5.638298 8.896627

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 10.489510 1.848429 5.522557
2021-05-16 17:00:00 10.964333 6.737120 5.833089
2021-05-15 17:00:00 4.203324 4.203324 6.057259
2021-05-14 17:00:00 5.889145 5.889145 6.480121
2021-05-13 17:00:00 6.105991 6.105991 6.694910
2021-05-12 17:00:00 7.497360 7.497360 7.052588
2021-05-11 17:00:00 8.764940 8.764940 7.592544

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 8.459338 3.560678 8.560218
2021-05-16 17:00:00 10.231023 10.231023 8.732148
2021-05-15 17:00:00 7.175433 7.175433 8.902366
2021-05-14 17:00:00 10.369467 10.369467 9.215930
2021-05-13 17:00:00 10.736010 10.736010 9.513998
2021-05-12 17:00:00 12.717713 12.717713 9.872939
2021-05-11 17:00:00 8.982849 8.982849 10.051616

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 9.951956 38.469458 25.993828
2021-05-16 17:00:00 34.382979 34.382979 26.352040
2021-05-15 17:00:00 23.209169 23.209169 26.901108
2021-05-14 17:00:00 25.886991 25.886991 26.598992
2021-05-13 17:00:00 27.077224 27.077224 26.654342
2021-05-12 17:00:00 20.283641 20.283641 27.285707
2021-05-11 17:00:00 20.387481 20.387481 27.536101

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 3.833333 1.044505 2.901948
2021-05-16 17:00:00 2.669903 2.669903 2.961952
2021-05-15 17:00:00 2.558228 2.558228 3.183019
2021-05-14 17:00:00 4.114713 4.114713 3.420427
2021-05-13 17:00:00 2.617230 2.617230 3.580012
2021-05-12 17:00:00 4.221636 4.221636 3.802109
2021-05-11 17:00:00 3.896714 3.896714 3.949854

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 5.506446 7.798134 8.128041
2021-05-16 17:00:00 7.331644 7.832149 8.212237
2021-05-15 17:00:00 7.202897 7.202897 8.369160
2021-05-14 17:00:00 7.832149 7.832149 8.403582
2021-05-13 17:00:00 7.949901 7.949901 8.760730
2021-05-12 17:00:00 7.983691 7.983691 8.869386
2021-05-11 17:00:00 8.352018 11.658842 9.063066

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 9.997383 6.436031 6.467503
2021-05-16 17:00:00 6.176004 6.176004 6.644293
2021-05-15 17:00:00 6.218338 6.218338 6.715523
2021-05-14 17:00:00 6.683512 6.683512 6.797467
2021-05-13 17:00:00 7.654321 7.654321 6.971530
2021-05-12 17:00:00 6.667565 6.667565 7.132864
2021-05-11 17:00:00 5.254116 5.254116 7.224556

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 8.196721 2.212389 10.095068
2021-05-16 17:00:00 10.460993 10.460993 10.715107
2021-05-15 17:00:00 8.000000 8.000000 11.064974
2021-05-14 17:00:00 10.719530 10.719530 11.429295
2021-05-13 17:00:00 17.752235 17.752235 11.734974
2021-05-12 17:00:00 8.297414 8.297414 12.063586
2021-05-11 17:00:00 13.571429 13.571429 12.210066

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 11.688312 11.688312 13.977996
2021-05-16 17:00:00 9.569378 9.569378 13.306692
2021-05-15 17:00:00 6.289308 6.289308 13.564566
2021-05-14 17:00:00 24.157303 24.157303 14.203146
2021-05-13 17:00:00 19.078947 19.078947 14.759967
2021-05-12 17:00:00 14.743590 14.743590 14.760471
2021-05-11 17:00:00 9.871245 9.871245 14.698005

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-17 17:00:00 10.176471 10.176471 11.853941
2021-05-16 17:00:00 10.799220 10.799220 12.132935
2021-05-15 17:00:00 10.537634 10.537634 12.320806
2021-05-14 17:00:00 15.039841 15.039841 12.392664
2021-05-13 17:00:00 10.813309 10.813309 12.830092
2021-05-12 17:00:00 13.288410 13.288410 13.246108
2021-05-11 17:00:00 13.318429 13.318429 13.762898

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 7.518797 1.434720 6.612292
Basilicata 11.805556 15.654405 16.493825
Calabria 5.981466 8.426247 8.425183
Campania 13.310745 24.866893 8.889945
Emilia-Romagna 20.176991 28.908555 19.514027
Friuli Venezia Giulia 3.149606 3.149606 3.817437
Lazio 6.158730 4.141355 4.121913
Liguria 4.545455 2.570565 4.955606
Lombardia 7.513357 7.513357 7.127277
Marche 8.534622 2.407996 8.011881
Molise 0.574713 0.218341 2.124152
P.A. Bolzano 1.276596 25.319149 9.315835
P.A. Trento 10.489510 1.848429 5.522557
Piemonte 8.459338 3.560678 8.560218
Puglia 9.951956 38.469458 25.993828
Sardegna 3.833333 1.044505 2.901948
Sicilia 5.506446 7.798134 8.128041
Toscana 9.997383 6.436031 6.467503
Umbria 8.196721 2.212389 10.095068
Valle d'Aosta 11.688312 11.688312 13.977996
Veneto 10.176471 10.176471 11.853941

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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